水質監測方法主要是人工定期采樣和理化儀器監測。前者是通過定期對不同水域進行采樣，在實驗室對各種成分進行理化分析，來判斷某一水域當前的水質。這種方法檢測時間長，檢測成本高。此外，當污染物濃度較低時，化學分析的準確性下降，難以實現在線連續監測；后者一般選擇監測點，在監測點安裝PH值、濁度、余氯、耗氧量等常規監測表，監測數據將傳送至控制室。但是，在線水質儀器主要是進口設備。同類型儀器有多家廠家的產品。除不同廠家外，儀器的工作原理、響應范圍、靈敏度、穩定性、適應環境等都不同。儀器儀表的選擇對于監測預警系統能否正常運行具有重要意義。儀器操作較復雜，投資成本大。因此，理化儀器的監測不能很好地反映水質狀況并及時預警。

由于上述兩種方法的局限性，人們嘗試利用水中的微生物來監測水的污染程度。它最早出現在20世紀初。國外的一些國家對生物監測的理論研究已經相當成熟，生物監測設備已經商品化，應用于各種飲用水處理廠、水產養殖場、污水處理廠等取水口和（或）排水口，也用于環境監控。

我國水質監測長期以來一直采用人工取樣的方法進行實驗室分析。隨著國家對水污染的日益重視，自動監測儀器和監測系統在近幾年才開始研制和發展。