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BOD5的測定是一個生化耗氧的過程。水樣中的微生物在與水中的有機物一起生長繁殖的同時，分解有機物，消耗水中的溶解氧。因此，水樣中必須含有一定量的能夠降解有機物的微生物。
工業廢水一般含有不同量的有毒物質，會抑制微生物的活性，因此工業廢水中自身微生物的數量很少或根本沒有。如果使用測量富含微生物的城市廢水的普通方法，可能無法檢測到廢水中真正的有機物含量，至少很低。例如，對于經過高溫滅菌處理的水樣，pH值過高或過低的水樣，除了冷卻、減少殺菌劑或調整pH值等預處理措施外，為保證BOD5測定的準確性，還必須采取有效接種。 測量工業廢水的BOD5時，如果有毒物質含量過大，有時需要用化學藥劑去除；如果廢水呈酸性或堿性，必須先中和；水樣通常經過稀釋后，可用標準稀釋法測定。在水樣中的水中（如處理這種工業廢水的曝氣池混合物）中加入適量的含有馴化好氧微生物的接種物，就是使水樣中含有一定量的具有降解有機物能力的微生物。在其他測定BOD5的條件下，利用這些微生物分解工業廢水中的有機物，測定水樣培養5天的耗氧量，即可得到工業廢水的BOD5值。 污水處理廠曝氣池混合液或二沉池出水是測定進入污水處理廠廢水的BOD5時理想的微生物來源。用生活污水直接接種，由于其中溶解氧很少或沒有，容易產生厭氧微生物，需要長期培養馴化。因此，這種經過馴化的接種液只適用于某些有特定需求的工業廢水。
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