影響生物濾池處理效果的因素主要有：①生物膜的生長；②污水性質；③氧氣；④溫度；⑤ 酸堿度和毒物。

①生物膜中的微生物利用污水中的有機物和營養物質，通過同化作用合成新的細胞，使膜不斷生長。對于缺乏養分的工業廢水系統，為了使膜（RO反滲透膜）生長良好，需要額外的養分，添加量與活性污泥系統相近。厚度薄的生物膜，耗氧率高、活性強。長得太厚的膜多處于厭氧環境中，有機物分解速度慢，分解代謝產物仍為有機酸、醇等低分子有機化合物，還有異味。脫落后可能造成局部堵塞，影響通氣和處理效果。

②由于污水與生物膜的接觸時間極短，生物濾池一般適用于處理分子量較小或更易生物降解的有機廢水。對難降解的有機廢水，可增加濾池的級數，或在工藝中采取出水回流等措施。

③生物膜中的氧氣來自填料間隙之間的空氣。生物膜的耗氧量受BOD負荷、生物數量和溫度等的影響。為了提高濾池效果，必須注意改善填料的形狀，使其既具有一定的強度，又具有盡可能大的孔隙率。必要時可使用強制通風。

④與活性污泥系統類似，生物濾池的生化反應速率也受溫度的影響。在微生物適宜的溫度范圍內，溫度降低，生物活性和耗氧率也降低。由于濾池采用自然通風增氧，受溫度影響較大，溫度系數為1.02~1.14，故冬季處理效果極差。

⑤ 與活性污泥法相比，濾池可抗沖擊負荷和緩沖能力強；同時，膜具有一定的厚度和生物分層分布，受到沖擊后恢復迅速；但有一定的限制。污水的適宜pH范圍為5.5-9.0，優選6.5-8.5。pH值（PH控制器）的快速變化和毒物的沖擊會導致大塊生物膜死亡和脫落，造成濾池堵塞和治療效果急劇下降。